Logo Universiteit Utrecht

Educate-it

Alle tools

Digitale Microscopie

40+

PathXL maakt digitale microscopie mogelijk door coupes online aan te bieden. De coupes worden gescand en als URL aan de student aangeboden. Voor de coupes is geen microscoop meer nodig, en ze kunnen via de computer bestudeerd worden, op de UU maar ook thuis.

Studenten kunnen zo thuis een practicum voorbereiden, het practicum geheel digitaal uitvoeren en/of de coupes thuis nog eens rustig bekijken. Docenten zijn niet meer gebonden aan practicumzalen met microscopen, en de beschikbare aantallen coupes.

Bekijk een voorbeeld van een digitale coupe.

LabvaardighedenMicroscopiePathXLVoorbereiden

In het onderwijs zijn gedigitaliseerde coupes in PathXL op veel manieren in te zetten:

  • Om studenten voor te bereiden op een practicum, waardoor er minder instructie nodig is tijdens het practicum.
  • Om studenten de coupes die op een practicum zijn bekeken, nog eens thuis te kunnen laten bekijken.
  • Om in plaats van door de microscoop nu met de computer het practicum te doen. Iedereen bekijkt dezelfde coupes en studenten kunnen hierdoor makkelijker samen naar structuren kijken, en daar makkelijker bij begeleid worden.
  • Om via e-learning een module aan te bieden die het practicum vervangt door zelfstudie. Het bekijken van de digitale coupes is dan een onderdeel in deze e-module. Bekijk dit voorbeeld van hoe PathXL wordt ingezet in Xerte.
  1. Stuur een e-mail naar cpio@uu.nl waarin je aangeeft wat voor coupes je wilt gebruiken.
    Als de coupes nog gescand moeten worden start dan uiterlijk 3 weken voor je ze wilt gebruiken (liefst eerder). Als er bestaand materiaal is in PathXL dat je wilt gebruiken start dan uiterlijk een week van te voren om alles goed te kunnen uitzoeken.
  2. Eigen (analoge) coupes kunnen gescand worden. Maak hiervoor een afspraak met CPIO, en na ongeveer een week staan de digitale coupes online. Geef van elke coupe het onderwerp, de kleuring en de eigenaar aan.
  3. Je krijgt toegang tot de server met alle relevante bestanden, van jezelf en eventueel anderen, om daarin geschikte gedigitaliseerde coupes te selecteren.
  4. Maak met het CPIO nu een afspraak voor een korte instructie over het gebruik van PathXL. Dit kan ook als je de gescande coupes weer komt ophalen.
  5. Optioneel: volg een workshop over PathXL.
  6. Maak in PathXL cases aan met de uitgezochte coupes. Deze cases krijgen een unieke URL, die je kunt gebruiken in je onderwijs. Een casus kan één of meer coupes bevatten.
  7. Bij de coupes kun je nu ook annotaties maken.
  8. De URL’s kun je aan de studenten geven via BlackBoard, of aanroepen vanuit een e-learningmodule. Voor het bekijken is geen inlog nodig.

Startdatum: blok 1 2015-2016. De licentie van deze tool is oneindig afgekocht.

Hoe kan ik mijn coupes (laten) digitaliseren?
De coupes worden gescand bij de afdeling Pathologie van het UMC. De coupes kunnen aangeboden worden bij het CPIO (cpio@uu.nl, Kruytgebouw Z406) en zijn dan meestal binnen een week gescand en beschikbaar. Het CPIO zal ook de gegevens (‘metadata’) van deze coupes willen weten om de digitale bestanden zo goed mogelijk te ordenen.

Wat zijn de eisen die gesteld worden aan de coupes?
De meeste coupes zijn al zo oud dat deze met de hand moeten worden gescand. De afmetingen zijn dan verkeerd, of het preparaat is te zeer verbleekt om dit automatisch t laten scannen. Indien dat nodig is kan het preparaat worden afgedekt met een nieuwe dekglaasje (als er licht onder is gekomen).

Op welke resolutie worden ze gescand, en wat heeft de student voor mogelijkheden bij het bekijken?

  • Standaard wordt gescand op 40× (400×), maar 100× is ook mogelijk. Dit geeft echter vaak onnodig grote bestanden. De student kan in- en uitzoomen.
  • Ook kunnen er meerdere lagen worden ingescand (Z-stack). De student kan ook simpel tussen de lagen schakelen, dus ook in de diepte een preparaat bekijken. Elke laag zorgt wel weer veer een verdubbeling van de grootte van het bestand. Als er meerdere lagen gescand moeten worden, dan ook bedenken hoeveel lagen, en op welke afstand.
  • Ook fluorescentie-coupes kunnen worden gescand. De verschillende kleurkanalen kunnen apart bekeken worden.
  • De student kan de afbeelding roteren, en kan ook oppervlaktes en afstanden meten. Ook kunnen verschillende coupes naast elkaar worden bekeken.
  • Ook kan de student het label (‘etiket’) van de coupe bekijken, maar van oude coupes zijn deze helaas vaak onleesbaar of half gescand.
  • Verder kan de docent annotaties toevoegen in de vorm van pijltjes of omcirkelde gebieden met een toelichting, om de student wegwijs te maken in de coupe.

Wie kan er allemaal bij mijn coupes?
Dit kan aangegeven worden bij het inscannen. Sommige materialen (bijvoorbeeld van patiënten) kunnen beschikbaar worden gesteld met een wachtwoord. Normaal gezien zal al het materiaal voor UU-medewerkers beschikbaar zijn. Wijzigingen (zoals annotaties) kan alleen de eigenaar van de coupes aanbrengen.

Kan ik gebruik maken van coupes die al zijn gedigitaliseerd door anderen?
Dat is zeker de bedoeling. Er zijn vergevorderde plannen voor een doorzoekbare database van alle coupes bij de bibliotheek, maar tot die tijd is het raadzaam om contact te zoeken met het CPIO om coupes te vinden die wellicht interessant zijn. Er zijn nu een groot aantal scans gemaakt met de volgende onderwerpen:

  • Endocrinologie (pancreas, adrenals, testes, ovary, thyroid, pituitary)
  • Ontwikkelingsbiologie (kip, hamster, zebravis)
  • Plantenbiologie
  • Dierfysiologie (nier, been, huid, endotheel, mesenterium van verschillende diersoorten)
  • Diergeneeskunde (huid, respiratie, digestie, zowel fysiologie als pathologie)

Met digitale, of virtuele microscopiepractica kunnen studenten tijd- en plaatsonafhankelijk oefenen. Hierdoor zijn ze beter voorbereid op het traditionele practicum, waarbij begeleiding aanwezig is voor het verwerven van de benodigde vaardigheden in online modules die ontwikkeld zijn met het programma Xerte. Bij digitale practica met PathXL kunnen studenten makkelijker samenwerken en zijn de preparaten gelijkwaardiger, wat feedback en plenaire bespreking makkelijker maakt. Bovendien zijn zeldzame en kwetsbare preparaten nu voor iedereen beschikbaar.

Naar de ervaring
  • Jillis van Maaren /

    Gebruiksgemak
    Activeert mijn studenten
    Ik zou deze tool aan mijn collega's aanraden